В ранние годы клуб носил разные названия, периодически формируясь на основе других команд, которые в советское время выступали в областных соревнованиях: «Трактор», «Сталь», «Баррикады».
В российский период после нескольких ликвидаций возрождался на базе команд «Ротор-2», «Волгоград», ВКОР.
Современная клубная структура создана на базе Волгоградского колледжа олимпийского резерва после снятия со всех соревнований и ликвидации ГАУ ВО «ФК „Ротор“» в 2015 года. После победы в третьем дивизионе (СФФ «Центр») в 2015 году «Ротор-Волгоград» вновь получил право выступать во втором дивизионе зоны «Юг».
В сезоне 2016/17 второго дивизиона зоны «Юг» волгоградский клуб занял первое место, добившись возвращения в первенство ФНЛ. По итогам первенства ФНЛ сезона 2019/20 волгоградская команда заняла первое место и впервые за 16 лет вернулась в Премьер-лигу. По итогам сезона 2020/21 команда сначала выбыла в ФНЛ, а ещё через год клуб снова оказался в третьем по силе дивизионе. В 2024 году вернулся в ФНЛ по результатам стыковых матчей.
В сезоне 2024/2025 году клуб выступает в Мелбет Первой Лиге. После 16 тура команда идет на 9 месте с 22 очками (5-7-4). Главный тренер – Денис Бояринцев.