Первые сведения о футбольной команде Новороссийска датируются 1907 годом. Тогда команду называли «Олимпия», и именно её местные историки считают предшественницей нынешнего «Черноморца». С 1931 по 1941 год Новороссийск представляла команда «Динамо». Позже названия менялись: «Труд», «Цемент», «Гекрис». С 1993 года команда стала называться «Черноморец». В первенствах СССР в классе «Б» и Второй лиге Новороссийск был представлен в 1960–1970 и 1978–1991 годах. При формировании нового чемпионата России «Черноморец» получил возможность выступать в Первой лиге, где уже на второй сезон стал победителем западной зоны, но не смог в переходном турнире войти в тройку. В 1994 году команда вновь стала победителем лиги — уже по новому регламенту, без разделения на зоны, — и получила право играть в Высшей лиге российского футбола. С 1992 года команду возглавлял Олег Долматов. «Черноморец» выступал в Высшей лиге до 2001 года. Самое высокое место, которого удалось достичь, — шестое. В дальнейшем команда переходила из лиги в лигу, а затем на одиннадцать сезонов закрепилась во Второй лиге. Лишь в сезоне 2023/24 «Черноморец» сумел вернуться в Первую лигу, где занял 15-е место. В сезоне 2024/25 «Черноморец» занял в Первой лиге третье место, что позволило ему претендовать на участие в стыковых матчах за выход в РПЛ. Однако из-за состояния стадиона клуб не получил необходимую лицензию и в стыковых матчах не сыграл. 5 сентября 2025 года главным тренером «Черноморца» из Новороссийска стал Вадим Евсеев (20 игр и 1 гол за сборную России в 1999–2005 годах), подписав контракт до конца сезона 2025/26.