Клуб основан в 1946 году майором Алексеем Хмельницким, начальником окружного Дома офицеров. Страна только отходила от Второй мировой войны, и в такой момент людям нужен был спорт, как явление, способное сблизить и вселить оптимизм. Команду сформировали из талантливых футболистов, которые с первых игр показывали впечатляющие результаты. В том же году дебютанты выиграли Кубок Хабаровска, отобрались на турнир в Тбилиси и уже в 1948-м приняли участие в первенстве РСФСР (Российской Советской Федеративной Социалистической Республики). Название клуб менял несколько раз. Сначала был «ДКА» (Дом Красной армии), затем «ОДО», «ДО», «СКВО», но в 1960 году футбольные функционеры остановились на имени «СКА» (Спортивный клуб армии), которое используется по сегодняшний день.
Во вторую «пятилетку» (именно так измеряли результаты команд в то время) у «СКА» начался настоящий подъем. Сначала клуб занял третье место на чемпионате РСФСР, а потом стал вице-чемпионом. В 1954-м пришла первая большая победа – команда выиграла Кубок РСФСР, победив соперника из Калининграда — «Красную Звезду». Через год успех повторили. В 1957 году хабаровчане впервые участвовали в розыгрыше Первенства СССР среди команд класса «Б» (так назывался второй уровень советской футбольной системы), в котором стали победителями. Девять лет «СКА» выступал в этом дивизионе и показал потрясающую статистику: отыграли 250 матчей, в 127 из которых одержали победу, уступив всего 54 раза. Оставаясь одной из сильнейших футбольных команд зоны Сибири и Дальнего Востока, «СКА» пошел на повышение и уже в 1966 году был включен во вторую группу класса «А». Клуб, который с низших уровней проложил дорогу в элитный дивизион, вели грамотные специалисты, в числе которых был Александр Григорян – один из самых ярких и противоречивых футбольных специалистов страны. Таким же получился второй и заключительный сезон «СКА» под его руководством. Точнее, половина сезона-2016/17: в зимней паузе коуча попросили на выход. По итогам турнира хабаровский клуб впервые в истории попал в Российскую премьер-лигу. У ребят с Дальнего Востока удержаться в РПЛ не получилось, в 2018-м они опустились в ФНЛ (сейчас — Первая лига). На сегодняшний день «СКА» продолжает выступления в Первой лиге (втором по значимости дивизионе страны). Команда находится на восьмой строчке с 24 очками. Последние три матча между хабаровчанами и красноярцами завершались голами с обеих сторон. «Армейцы» и «львы» не расходились нулями аж с 2023 года.